En 1759, asumió el gobierno español Carlos III y con él inició lo que se conoce como las Reformas Borbónicas; con éstas la educación se tornó en una política oficial. El decreto fue aplicado en Campeche y en 1767, los sacerdotes encargados del colegio San José fueron embarcados hacia Europa, el edificio del templo y del colegio fueron entregados al Ayuntamiento y este comisionó al Br. Juan Rodríguez, Clérigo Seglar, quien mal enseñaba a leer y escribir a los pocos educandos que continuaron asistiendo, esta situación prevaleció por 30 años.
La creación del colegio se debió al presbítero campechano Miguel Antonio de Estrada, quien al fallecer legó una suma de cuarenta mil pesos para la formación y sostenimiento de una escuela de primeras letras en la ciudad murada; se pensó en primera instancia en adquirir un local para tal objeto, no obstante en colaboración con el Ayuntamiento de la ciudad se resolvió que lo mejor sería fundar dicha escuela en el local que había ocupado el colegio de San José. El 17 de octubre de 1823 se erigió el Colegio Clerical de San Miguel de Estrada y comenzó a funcionar el 28 de diciembre de 1823, su primer rector fue el Pbro. José María Marentes.
Durante este periodo, se fundaron las cátedras de Jurisprudencia y por orden gubernamental se impartieron las cátedras de Derecho Natural y Náutica, y se apertura la Escuela de Medicina y Filosofía. Esta institución fue la más importante en Campeche durante la primera mitad del siglo XIX.