El año de 1857 marcó un hito en la historia de Campeche, ya que inició el movimiento emancipador encabezado por Pablo García, Tomás Aznar Barbachano, Pedro Baranda y otros jóvenes que esperaban hacer de Campeche un lugar de progreso y libertad. Este movimiento tendría como final la erección del Estado Libre y Soberano de Campeche.
La aplicación de las Leyes de Reforma expedidas por Benito Juárez trajo como consecuencia la separación de la Iglesia en el ámbito educativo, resultado de ello fue el cierre del Colegio Clerical de San Miguel de Estrada y la apertura de un colegio moderno denominado Instituto Campechano con base al decreto de fecha 26 de octubre de 1859 expedido por el entonces gobernador del Estado Pablo García Montilla.
El 19 de enero de 1860 recibió su nombramiento el primer Rector de la institución Tomás Aznar Barbachano. Y fue el 2 de febrero del mismo año cuando el Instituto Campechano abrió sus puertas a los estudiantes, iniciando así una nueva etapa en la educación campechana.
Los tiempos han cambiado, las necesidades educativas de nuestra sociedad no son las mismas y es con base a esta eventualidad que el Instituto Campechano ha tenido que adaptarse al cambio, a las necesidades y a la modernidad de los tiempos y se han establecido sistemas para la educación media superior y superior, en la áreas de preparatoria y licenciaturas como: las Escuelas Normales Preescolar, Primaria y Superior, Ciencias de la Comunicación, Trabajo Social, Gastronomía, Turismo, Mercadotecnia, Artes Visuales y Educación Artística.